L'Atelier Partagé fonctionne avec un système de "gouvernance collégiale". Les responsabilités et l'autorité sont ainsi répartie à égalité entre les 7 co-responsables qui ont été élues lors de la dernière assemblée générale annuelle de l'association. La collégiale se réunie tous les mois avec l'équipe salariée afin de suivre le projet associatif et prendre les décision importantes.

Sur demande, des membres de l'association peuvent participer aux réunions de collégiale.

Au quotidien, c'est l'équipe salariée qui est chargée de la mise en place du projet associatif.